Впервые подводный город Йонагуни был обнаружен в 1986 году. Наблюдая за акулами-молотами у японского острова Йонагуни, ныряльщик Кихатиро заметил ряд морских образований, лежащих в 5 метрах под водой. Их архитектура напоминала ступенчатые пирамиды. Центром являлось строение высотой 42 метра. Оно состояло из 5 этажей. Около центрального объекта находились небольшие пирамиды высотой в 10 метров. Край объекта обрывался вертикально вниз до самого дна на глубину в 27 метров.
Ныряльщик рассказал о находке профессору Масаки Кимура, специалисту по морской геологии и сейсмологии. Тот заинтересовался объектом и совершил более ста погружений, изучая обнаруженную находку, став настоящим экспертом в ее вопросах. Вскоре он собрал пресс-конференцию, на которой заявил, что был найден неизвестный науке древний город – целый комплекс, состоящий из замков, колодцев, туннелей, лестниц, террас, памятников, стадиона, соединенных системой дорог и водных путей. Все массивные каменные блоки Йонагуни были созданы вручную и вырублены прямо в скальной породе.
С тех пор вокруг подводного города Йонагуни не угасают страсти. Предполагаемая дата его постройки не укладывается в современные исторические теории. Большинство археологов считают, что человеческая цивилизация возникла около 5 000 лет назад. Исследования показали, что скала, в которой этот город был вырублен, ушла под воду не позднее 10 000 лет назад. То есть Йонагуни старше египетских пирамид и исторических памятников древних индейцев. Считается, что в ту эпоху люди жили в пещерах и умели собирать только съедобные коренья да охотиться на диких зверей. А создатели подводного комплекса Йонагуни в это время обрабатывали камень, владели инструментами, знали геометрию! Это никак не согласуется с данными традиционной исторической науки.
Многие историки все же склонны объяснять невероятный рельеф подводной скалы у берегов острова Йонагуни как созданный природной стихией. Скептики говорят, что песчаник, из которого состоит скальное образование, имеет свойство растрескиваться вдоль плоскостей, чем можно объяснить террасное расположение комплекса и его геометрические формы. Но правильные окружности и симметричность каменных блоков этим свойством песчаника не объяснишь.
Единственное, с чем согласны сторонники и противники искусственного происхождения подводного города Йонагуни – это его погружение под воду в результате крупного стихийного бедствия, которых в истории Японских островов было немало. Профессор Кимура предположил, что возле острова Йонагуни находятся 10 подводных сооружений, а еще пять построек находятся у острова Окинава. Массивные руины занимают площадь более чем 45 000 м2. Подводные пещеры у Окинавы со сталактитами указывают, что когда-то эта территория находилась на суше. Сам подводный город Йонагуни же является продолжением целого комплекса наземных сооружений.
Интересно отметить, что подводный город Йонагуни некоторые исследователи посчитали очередным доказательством существования расы лемурийцев. Если вспомнить, что континент Лемурии простирался на весь Тихий океан и включал в себя территорию островов Йонагуни и Окинава, то данные руины могут принадлежать лемурийцам.